Program Terra Incognita realizujeme podľa akčného plánu, ktorý schválilo Zastupiteľstvo KSK a podľa požiadaviek a úloh Riadiaceho výboru programu. Do tohto rámca spadá aj schválenie VZN o poskytovaní dotácií a účelových finančných prostriedkov z rozpočtu KSK. Predchádzalo mu obdobie analýz, prípravy manuálov na realizáciu programu a prezentácie programu v regiónoch KSK.
Dotačný systém, schválený vo VZN zabezpečuje pre celý program finančné prostriedky tak, aby došlo k naplneniu cieľov programu. Finančné prostriedky z rozpočtu KSK však nebudú jedinými, množstvo aktivít sa realizuje z mimorozpočtových zdrojov, predovšetkým z projektov, ktorými sa uchádzame o ďalšie granty.